[résolu]A s'en arracher les tif(fosi) sur la tête !!

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[résolu]A s'en arracher les tif(fosi) sur la tête !!

Message par Flicky le Dim 13 Jan 2013 - 13:59

Bonjour les Artstronautes,

Cela fait quelque temps que j'ai un petit soucis graphico-scientifique...
Par orgueil (ou par manque de temps pour venir pleurnicher ici, aussi), j'ai essayé de résoudre le problème toute seule.

Dans le cadre de mes recherches, je suis souvent emmenée à faire des images ! ^^
Ces images relèvent surtout de marquages par immunofluorescence. Very Happy
Pour expliquer le principe, en gros :
sur des coupes très fines de tissus, je marque des protéines qui m'intéressent
avec des anticorps qui contiennent une petite lanterne fluorescente à leur extrémité.
Avec un microscope adapté, je peux voir ces lanternes et constituer des images de mes tissus.

Venons-en à la technique "pure et dure" :
Les photos sont prises avec la caméra du microscope, en format .tif donc non compressé.
Je dispose en fait pour chaque image de trois photos, une pour chaque couleur de "lanterne" observé.
Le format .tif est indispensable pour ne pas perdre de la qualité d'infos.
Il me permet de combiner ultérieurement les trois photos pour obtenir une image trichromique de bonne qualité.
Seulement voilà, dans le logiciel sur l'ordi relié au microscope, si je combine mes trois photos .tif, j'obtiens effectivement une belle image que je peux utiliser et exploiter.
En revanche, si je dois faire les photos ultérieurement sur mon ordinateur de bureau, alors, ça devient épique et monstrueux :
-le tif n'est lu par aucun de mes logiciels, même ceux censés lire les tif (ça fait des écrans noirs. o___o)
-un seul log (un dinosaure !!) parvient à les lire, mais avec une résolution médiocre
(je dois passer du 16bits initial au 8bits du logiciel, ça fait des pixels moches de partout >__>)


Exténuée par cette longue lutte numérique, où j'ai dû laisser quelques dixièmes d'acuité visuelle
et quelques plombs, je me permets donc de m'en remettre à votre bonne science de graphiste :

-Connaitriez-vous un moyen de rendre ces fichiers images.tif lisibles ??
et accessoirement, résoudre mon petit problème, qui demeure assez obscur pour moi ?

Merci d'avance,

Bonne journée à tous !

Basgi !
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Re: [résolu]A s'en arracher les tif(fosi) sur la tête !!

Message par tama0411 le Dim 13 Jan 2013 - 14:26

ben déjà tu as utilisé quoi comme logiciel de traitement d'image?
il me semble que photoshop est capable de lire ce format. car pour info le ".tif" appartient à Adobe donc tu devrais pouvoir lire ce fichier avec de nombreux logiciel adobe
après tu peut essayer de convertir ton fichier en un autre format. le logiciel Format factory en est capable

bon par contre si rien ne marche je pourrais peut-être te donner une solution demain, je vois mon prof de photoshop/tech 3D donc il pourra m'en dire un peu plus
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Re: [résolu]A s'en arracher les tif(fosi) sur la tête !!

Message par Lydia le Dim 13 Jan 2013 - 15:44

bah... y'a tif et tif et même tiff, avec différents modes de compression (ou sans), entrelacement et tout le tintouin) !
il y a d'autres formats non compressés... le plus connu répandu et ancien étant le bmp...
au bureau tu converti tes tif's en bmp que tu pourras lire sans problème chez toi... vala ^^

note : perso, je n'utilise le format tif que pour la cartographie-infographie (avec de grandes surfaces d'une même couleur... c'est plus adapté que les autres formats)
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Re: [résolu]A s'en arracher les tif(fosi) sur la tête !!

Message par Trefle le Lun 14 Jan 2013 - 10:14

Est-ce que tu peux afficher la camera du microscope sur l'écran de ton pc ? En ce cas tu pourrais essayer de faire un screen écran du résultat final et tu enregistres ton image via le screen.

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Re: [résolu]A s'en arracher les tif(fosi) sur la tête !!

Message par Flicky le Lun 14 Jan 2013 - 22:03

Coucou les Artstronautes,

Merci d'être venus à mon secours !
emoticbise emoticbise emoticbise

@ tama0411 :

Le logiciel de base du PC relié au microscope est Metamorph Imaging Software
celui que j'utilise sur mon ordi au labo est ImageJ.
Les fichiers .tif que le premier crée sont illisibles sur tous les logiciels "classiques" sauf sur ImageJ.
Seulement, apparemment, je passe alors d'une image en 16 bits, à une image en 8 bits,
donc je perds de la résolution...

après tu peut essayer de convertir ton fichier en un autre format. le logiciel Format factory en est capable
J'ai téléchargé ce logiciel et j'ai essayé quelque conversation...rien n'y fait ! emoticyeux

@ Lydia :
Effectivement, il y a toute une variété de tiff, je l'ai appris à mes dépends ! emoticeau
au bureau tu converti tes tif's en bmp que tu pourras lire sans problème chez toi... vala ^^
Le soucis, c'est qu'il faut que je garde chaque image original pour créer une image trichromique.
Enfin, c'est ainsi que l'on m'a appris...mais, je vais essayer d'enregistrer chaque "lanterne" en bmp ou png,
avant de leur attribuer un calque de couleur et les fusionner...qui sait !

@ Trèfle :
Est-ce que tu peux afficher la camera du microscope sur l'écran de ton pc ? En ce cas tu pourrais essayer de faire un screen écran du résultat final et tu enregistres ton image via le screen.

L'image du microscope se fait en trois temps pour avoir les trois couleurs (on ne visionne qu'une couleur à chaque fois).
Je peux ensuite effectivement les travailler, les combiner, et les fusionner directement sur l'ordi connecté au microscope.
Et enregistrer en jpeg, que je pourrais lire tranquillement sur mon ordi, ensuite.
Seulement...à l'ouverture, je n'ai plus un carré noir mais vert fluo !
Bref, l'ordi de cette plateforme d'imagerie pousse le vice jusqu'à coder tous les formats image
d'une façon différente que le commun des PC ou Mac !!
affraid

Pour info, voici le genre d'aperçu joli que j'obtiens directement sur le logiciel du microscope.
Sur mon ordi de bureau, ça donne la même chose mais avec pleins de points moches
et beaucoup moins de nuance de couleurs. D'où mon idée qu'il y a peut-être une histoire
de résolution pixels (passage de 16 à 8 bits).

Spoiler:

emoticfusee
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Re: [résolu]A s'en arracher les tif(fosi) sur la tête !!

Message par Trefle le Lun 14 Jan 2013 - 22:37

peut-être que les images sont trop grandes. Tu as essayé photofiltre ?

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Re: [résolu]A s'en arracher les tif(fosi) sur la tête !!

Message par kokokaine le Ven 18 Jan 2013 - 6:37

As tu essayé de changer le mode de ton image avec toshop ? (RVG, CMJN, Lab...)
Le problème rencontré me rappelle des souvenirs ^^, j'avais pas autant de couleurs que toi (je n'avais à faire qu'un seul marquage et son expression était minime), tu travail sur quoi (si tu peux nous le révéler bien sur ^^) ?
Si je te parle des modes, ce n'est pas anodin, c'est que j'ai rencontré ce problème (image aussi sauvegardé en .tif ^^)
Courage pour la suite ^^
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Re: [résolu]A s'en arracher les tif(fosi) sur la tête !!

Message par Lydia le Ven 18 Jan 2013 - 14:01

Il me semble que le visionneur d'images par défaut de Windows 7 doit être capable d'afficher ce type d'images complexes...
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Re: [résolu]A s'en arracher les tif(fosi) sur la tête !!

Message par Flicky le Ven 18 Jan 2013 - 22:47

Coucou les Artstronautes,

C'est encore moi ! ^^"

J'ai pris un peu de temps ce soir pour réfléchir de nouveau au problème de ces fichiers images.

J'arrive enfin à les ouvrir et à modifier le contraste de mes images,
à partir de Photoshop ! La bidouille n'est pas encore parfaite
(pour l'instant, j'arrive juste à révéler la fluorescence du noyau
de mes cellules...ce qui revient à repérer vaguement un projecteur dans une nuit noire...
Vous voyez un peu mon niveau actuel de bidouille... emoticlol )
mais déjà, ce n'est plus un écran noir qui s'affiche !! emoticapplause

Pour informations, kokokaine,
je travaille sur le rôle d'une protéine dans le développement des maladies cardiovasculaires,
à partir de modèles de souris transgéniques.
Sur cette série de photo, je souhaitais montrer la présence massive de tissu conjonctif
dans le coeur de nos animaux.
Le problème rencontré me rappelle des souvenirs ^^,
Avà, tu as travaillé en recherche ?? emoticverysmile
Courage pour la suite ^^
Merci beaucoup !
emoticmouack

En conclusion, pour l'instant, le problème est presque résolu...
mais je garde le post encore ouvert pour l'instant,
parce qu'il se peut que je vienne encore vous embêter
pour contraster mes images.

Merci encore pour vos interventions à toutes et à tous !

emoticmouack emoticmouack emoticmouack
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